Le laboratoire effectue l'ensemble des analyses microbiologiques sur tous types d'aliments qu'ils proviennent de collectivités locales, d'artisans bouchers, boulangers, d'industries agro-alimentaires ou des services de contrôle officiel, notamment lors de toxi-infections alimentaires collectives. Ses activités consistent au contrôle des procédés de fabrication, au contrôle à l'exportation de produits industriels et au suivi de l'hygiène des installations et des pratiques. Depuis 2008, il propose également des prestations d'audit-conseil en restauration collective.